骨科

北京医大中西医结合医院骨科是集临床诊疗、基础研究及医学教学于一体的综合性中西医结合骨科。

康复医学科

康复医学科是北京医大中西医结合医院重点科室，是航空总医院、北京康复医院等权威机构的医联体合作单位，是集中西医康复医疗、预防保健、科研教学为一体的综合性特色科室。科室秉承“守正创新、长期主义、社会责任”理念，将祖国传统康复与现代康复技术相结合，为脑损伤、脑卒中康复、脊髓损伤康复、神经康复、运动康复、老年康复、肿瘤康复等疾病患者提供多科室联合一体化预防、治疗与康复服务。

中医科

中医科是北京医大中西医结合医院特色科室之一，主要运用中医独特的阴阳五行、整体辨证、藏象气血理论，以理、法、方、药为手段，辅以现代医学方法，对内、外、妇、儿、皮肤等多科多系统疾病的治疗，充分发挥中医药优势，为百姓提供优质医疗健康服务。

神经外科

北京医大中西医结合医院神经外科以李小勇教授为学科带头人。李小勇教授是脑脊液神经外科专科病房(原航空总院脑脊液科)的建立者。

疼痛科

北京医大中西医结合医院疼痛科，是我院重点建设发展的特色诊疗科室，以“专业、耐心、发展”为使命，充分发挥中西医结合诊疗优势，采用影像学（CT、超声等）引导下微创介入技术，治疗各种慢性顽固性疼痛和疑难疼痛疾病。

体检中心

医大中西医结合医院体检中心作为医院直属科室，是集健康体检、健康评估、健康咨询指导和健康管理于一体的专业医疗健康管理中心，也是北京健康管理协会会员单位。

内科

内科

消化内科

消化内科是北京医大中西医结合医院集消化内科门诊、内镜的检查、诊断、治疗、教学为一体的科室。特聘消化内镜专家，并配备日本消化诊疗设备 OLYMPUS(奥林巴斯)电子胃肠镜系统，德国爱尔博 ERBE 智能高频电刀系列治疗仪等检测、治疗设备，并设有内窥镜清洗消毒系统。